เขตห้ามล่าสัตว์ป่าหนองบงคายเดิมเป็นหนองน้ำขนาดเล็กซึ่งถูกล้อมรอบด้วยเนินเขาเตี้ยๆ โดยรอบเป็นแอ่งรองรับน้ำฝนตามธรรมชาติ ทางราชการได้ก่อสร้างเขื่อนน้ำล้น เพื่อกักเก็บน้ำ จึงทำให้หนองน้ำมีปริมาณมากขึ้น มีลักษณะเป็นทะเลสาบ ขนาดย่อมเรียกว่า “ทะเลสาบเชียงแสน” และได้รับการประกาศ จากกระกรวงเกษตรและสหกรณ์กำหนดให้พื้นที่แห่งนี้เป็นเขตห้ามล่าสัตว์ป่า เมื่อวันที่ 4 เมษายน 2528 และได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นพื้นที่ชุ่มน้ำ ที่มีความสำคัญระหว่างประเทศของอนุสัญญาว่าด้วย พื้นที่ชุมน้ำหรืออนุสัญญาแรมซาร์ อันดับที่ 1101 เมื่อวันที่ 5 กรกฎาคม 2544 ซึ่งมีพื้นที่ประมาณ 2,711 ไร่